La riserva occupa una superficie di 68 ettari dell’area tra i villaggi di Ganzirri e Punta Faro del Comune di Messina. E’ incastonata in uno degli scenari più belli del Mediterraneo, sulla cuspide nord-orientale della trinacria, quindi affacciata sullo Stretto di Messina, a ridosso della zona che fu patria dei mitici Scilla e Cariddi. La laguna è composta da due specchi d’acqua: il Lago di Ganzirri (o Pantano grande) e il Lago Faro (o Pantano piccolo). Il Ganzirri ha una superficie allungata a forma di otto. Due canali permettono l’ingresso di acqua dal mare e vengono tenuti aperti o chiusi in base all’esigenza di ossigenare le acque mentre un terzo lo collega al lago di Faro. E’ nato dalla fusione con un altro bacino, il Madonna di Trapani (anticamente ne esisteva anche un quarto, il Margi, bonificato nell’Ottocento). Il secondo lago, il Faro, ha una forma quasi circolare ed è situato a nord rispetto al primo. Ha carattere maggiormente marino ed è particolare per la presenza di idrogeno solforato e l’esistenza abbondante di microorganismi che riescono a metabolizzare i derivati dello zolfo. Il toponimo Faro potrebbe derivare dalla parola greca “pòros” (passaggio, stretto) riferita al tratto di mare che separa la costa messinese da quella calabra. Comunica col mare attraverso il canale Faro e il canale degli Inglesi. E’ stato dichiarato, con il Ganzirri, bene d’interesse etno-antropologico in quanto sede di attività produttive tradizionali legate alla molluschicultura, praticata ancora oggi con i tradizionali sistemi di un tempo.
La riserva è uno dei principali nodi al mondo di migrazione. Vi si riscontrano quasi tutte le specie di rapaci, anche rare come Albanella pallida, Poiana Codabianca e delle steppe, Falco della regina, Lanario, Capovaccaio. Ogni primavera 20-22 mila rapaci, con punte di 33.000 per stagione e di 9.500 individui al giorno, passano per la riserva. Lo Stretto, inoltre, è attraversato da numerose specie marine tra cui i grandi pelagici, cioè Tonno, Alalunga, Palamita, Aguglia imperiale e Pescespada che può essere catturato con particolari barche chiamate “passerelle” (o “feluche“), attive solo qui. Caratteristici sono i “refoli”, vortici generati dalla corrente dello Stretto che animarono la leggenda di Cariddi, ninfa trasformata in mostro che tre volte al giorno ingoiava queste acque, marinai compresi. Lo Stretto, inoltre, è passaggio obbligato (il più importante del Mediterraneo per diversità) per le migrazioni dei cetacei tra cui, oltre a tutte le specie di delfini del Mediterraneo, Capodogli e Balenottere che vanno a riprodursi nell’area delle Eolie. Da evidenziare, poi, i selacei tra cui lo Squalo Bianco. Per la flora si registra una ricca vegetazione spontanea oltre a Papiri, Palme, Oleandri, Canne, Pini marittimi, Eucalipti, Cipressi. Nei laghi proliferano molti tipi di alghe galleggianti con uno strato così compatto da permettere ai gabbiani di posarsi senza affondare. Le spiagge – in particolare quelle nella zona del Pilone (diventato attrazione turistica come una specie di torre Eiffel) – offrono molte biodiversità di flora e fauna.
La riserva, istituita con Decreto regionale del 21 giugno 2001, è affidata in gestione alla Provincia di Messina.